Институт озероведения осуществляет научное сотрудничество с Международной организацией UNESCO-ILEC (программа "Озера Мира"), международным издательским Советом Энциклопедия Систем Жизнеобеспечения (Encyclopedia of Life Support System - EOLSS - подготовка раздела "Озера и водохранилища") , с университетами городов Марсель и Нант (Франция), городов Упсала и Лунд (Швеция), г.Йенсуу (Финляндия), научными учреждения США и Канады, Институтом окружающей Среды,Государственным научно-техническим Центром (г.Хельсинки) и Центром окружающей среды юго-восточной Финляндии в выполнении научно- исследовательских работ по совместным Проектам. Приоритетное место в этих исследованиях принадлежит совместному изучению экологического состояния водных объектов приграничных районов России: оз.Сайма - система озер р.Вуоксы - Ладожское озеро - Невская губа - р.Нева - Финский залив, а также отработке методов борьбы с нефтеразливами. Периодически (раз в 3 года) Институт озероведения организует совместно со специалистами-экологами Финляндии, Швеции, Канады и других стран Международные симпозиумы "Экологические проблемы Ладожского озера", где обсуждаются результаты этих исследований. Материалы первого симпозиума (г.С.-Петербург, 1993) опубликованы в кн. "Developmеnts in hydrobiology"(1996), материалы второго симпозиума (г.Йенсуу, Финляндия, 1996) готовятся к изданию в журнале "Boreal Environment Research".
        Участие в проекте TACIS (1997) " Развитие и выполнение комплексной программы контроля окружающей среды Ладожского озера: защита и использование водных ресурсов ".

        Участие в межгосударственных научно-технических программах и проектах:

1. Международный Российско-Финско-Эстонский проект "Год Финского залива".
2. Российско-Финляндская Программа "Экологическое состояние Ладожского озера" с 1994 г.
3. Российско-Шведский проект "Термика озер, покрытых льдом" 1994-1996 гг.
4. Российско-Шведский проект "Термический бар" 1994 г.
5. Российско-Шведский проект "Изменение уровня воды озер как показатель изменений климата в голоцене" с 1995 г.
6. Французско-Российский проект по формированию банка палинологических данных с 1995 г.