Институт Озероведения РАН сформировался на базе Лаборатории Озероведения, организованной в Москве в 1944 году в составе Отделения Геолого-географических наук АН СССР. В 1971 г. Лаборатория была преобразована в Институт Озероведения, который входит в состав Отделения океанологии, физики атмосферы и географии РАН.

В институте работают 155 сотрудников, в том числе 113 научных сотрудников, из них 1 член-корреспондент РАН, 18 докторов и 43 кандидата наук. В научно-организационную структуру Института входят 4 научных лаборатории и 2 научно- вспомогательных подразделения.

Для проведения экспериментальных и экспедиционных исследований Институт располагает научно- методической базой на озере Красном (Карельский перешеек, Ленинградская область), экспедиционными базами на Ладожском озере (поселок Импилахти, Карелия) и Онежском озере ( поселок Суйсарь, Карелия) , научно-исследовательским судном "Талан" водоизмещением 267 тонн. Судно обеспечивает выполнение научно- исследовательских работ на Ладожском озере.

Институт проводит подготовку научных кадров через аспирантуру по 5 специальностям в рамках географических и биологических наук. В Институте работает Специализированный Совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по двум специальностям: "экология" по биологическим наукам и "охрана окружающей среды и рациональное использование природных ресурсов" по географическим и физико-математическим наукам.

Экономической основой деятельности Института является базовое финансирование из государственного бюджета России, целевое финансирование государственных научных программ, конкурсных проектов Российского Фонда Фундаментальных Исследований, других международных проектов (INTASS, TACIS) и средства, получаемые от договоров с заинтересованными заказчиками.

Основное направление научно-исследовательской деятельности Института - проведение фундаментальных исследований в области озероведения. Выполняемые Институтом исследования направлены на разработку фундаментальных научных основ охраны, восстановления и рационального использования природных ресурсов озер. Она базируется на результатах научно-исследовательских работ различного характера: теоретических, экспериментальных и методических исследований по детальному изучению отдельных процессов и комплексных региональных научно-исследовательских работ по изучению пространственно-временных закономерностей функционирования озерных экосистем и эволюции их под влиянием природных и антропогенных факторов.